Haşimato hastalarında selenyum eksikliği oldukça yaygındır ve aslında selenyum eksikliği haşimatoyu tetikler, yani haşimato için aynı zamanda bir risk faktörüdür. Hafif selenyum eksikliği bile otoimmün tiroid hastalığının gelişmesine yol açabilir. Selenyum tiroid bezinin doğru çalışmasında görev alır. İnaktif T4 hormonunun aktif T3 hormonuna çevrimi aşamasında gereklidir.

Selenyum bu çevrim sırasında öyle kilit önemdedir ki tiroid hücrelerini oksidatif hasardan koruyan Glutatyon Peroksidaz enziminin kofaktörüdür. Glutatyon peroksidaz bu hormon dönüşümünün bir yan ürünü olarak üretilen toksik hidrojen peroksit oluşumunu (H2O2) nötralize eder. Yani toksik hidrojen peroksitten tiroid dokusunu korur! Glutatyon peroksidaz enzimi, hidrojen peroksiti su parçacıklarına (H2O) ayırır.

Hidrojen peroksit, oksidatif hasara ve tiroid dokularının iltihaplanmasına neden olan reaktif bir oksijen türü olduğundan, bu uzaklaştırma işlemi tiroid sağlığı için çok önemlidir.

Selenyum yetersiz olup hidrojen peroksit uzaklaştırılamadığında hücrelerde reaktif oksijen türleri birikir, DNA zarar görür, hücre ölümüne neden olabilir, tiroid dokusu iltihaplanır ve hasar görür. Böylece yavaş yavaş tiroid antikorları artmaya başlar (örn Anti-TPO) İşte otoimmünite böyle başlar.