Çölyak tanısı nasıl konur; 
-Kanda bakılan Anti- gliadin antikoru ve anti -deamine gliadin antikorunun pozitif olması
-İnce bağırsak biyopsisi de villusların harabiyetinin gösterilmesi
Kanda anti gliadin antikoru ve anti -deamine gliadin antikorlarına bakılması, ince bağırsak biyopsisinde villuslarda harabiyet oluşmadan çölyak tanısını çok daha erken koymamıza imkan sağlar.

Bu antikorlar çölyak tanısı konmadan yıllar öncesinde bile pozitifleşmiş olabilir.Eğer bunlar pozitif ise vücudunuzun başka bir yerinde otoimmün saldırı olabilir. Erken evre çölyak hastalığınız var ise henüz bağırsaklarınız etkilenmemiş olmasına rağmen Haşhimato troidit, graves hastalığı veya başka herhangi bir otoimmün hastalık oluşmuş olabilir.
Otoimmün bir hastalığınız var ise çölyak antikorlarınız negatif olsa dahi gluten vücudun birçok yerinde hasara neden olduğu için yine de beslenmenizde gluteni çıkartmanız gerekmektedir. Gluten ile pek çok otoimmün hastalığın ilişkisi bulunmaktadır.