Karın ve bel çevresinde artan yağ dokusu, diyabet riskini daha fazla arttırır. Tip 2 Diyabet ile obezite arasında çok yakın bir ilişki vardır. Obezite, insülin direncine neden olmakta, bu da diyabet oluşumunu kolaylaştırmaktadır. Pek çok bilimsel çalışma obezite ve Tip2 diyabette çevresel ve genetik faktörlerin dışında bağırsak mikrobiyotasının önemli bir rol oynadığını göstermektedir. Obezite ve Tip2 diyabette bağırsak florasında özellikle Bifidobakterin sağlıklı insanlarla kıyaslandığında azaldığı tespit edilmiştir. Bifidobakteriler halk arasında iyi kolestrol olarak bilinen HDL kolestrol düzeyi ile ilişkilendirilmiştir. Florada bifidobakterilerin azalması HDL kolestrol düzeyini de olumsuz etkileyerek düşürmüştür.